1964: het hoogtepunt van de Koude Oorlog. Naked Snake, een agent van de speciale eenheid FOX, gaat naar Sovjet grondgebied om een Russische wetenschapper te helpen vluchten naar het Westen. Maar Snakes mentor, The Boss, een soldate die bekend staat als de moeder van ’s werelds speciale eenheden, loopt over naar de Sovjet-Unie en neemt een miniatuur kernkop mee. Na gebruik daarvan op een Russische onderzoeksfaciliteit dreigt er een wereldoorlog. Snake moet terug naar de Sovjet-Unie op een geheime missie om zijn mentor te doden en een nucleair conflict te voorkomen.
• Met MGS3 en de originele MG1 en MG2
• Herbeleef de geschiedenis wanneer het geopolitieke landschap verandert
• Troef vijanden af met camouflage, man-tot-mangevechten, schaduwen, ondervragen, klimmen, jagen en het verzorgen van wonden
• Vecht in een omgeving met vallen voor vijanden en prooien en waar overal dreiging op de loer ligt
• Epische muziek gecomponeerd door Harry Gregson-Williams (Armageddon, The Rock)